Agjencia Kombëtare e Planifikimit të Territorit ka bashkëpunim me shumë partnerë kombëtarë dhe ndërkombëtarë. Gjatë aktivitetit të saj AKPT ka qenë partnere në shumë aplikime për projekte në programe të ndryshme, si psh:

• Horizon 2020
• IPA Adriatic Cross-border Cooperation Programme
• Interreg Adrion Programme
• Interreg IPA CBC Programme
• IADSA, etj.

Ndër aplikimet e bëra në këto programe janë fituar dy projekte ku AKPT është partnere:

• “BRIGAID” - BRIdging the Gap Innovations in Disaster Resilience (2016-2020)
• “Speedy” - Shared Project for Environmental Evaluation with DYnamic governance (përfunduar në 2016)